En 1991, Honda lance un nouveau modèle de Monkey : le Monkey Baja.
Il reprend l’esthétique des nouveaux Z50R mais il est homologué et possède donc des phares et des clignotants.
La particularité de ce modèle est le double-optique avant et un carénage complet en plastique.
En 1987, une série spéciale « Baja Africa » est également produite et se différencie du Baja normal grâce à son kit carrosserie « joufflu » en plastique.